Stifte, Klöster, geistliche Ritterorden
Eine reiche Urkunden- und Amtsbuchüberlieferung wird von über 70 weiteren Stiften und Klöstern, die überwiegend 1802/03 säkularisiert wurden, verwahrt. Urkundenserien mit zusammen rund 35.000 Einzelstücken reichen bis 969 zurück (Damenstift St. Stephan in Augsburg) und setzen bei den Ordensniederlassungen mit Reichsstandschaft (St. Ulrich und Afra in Augsburg, Elchingen, Irsee, Kaisheim, Lindau, Ottobeuren, Roggenburg, Ursberg, Wettenhausen) und anderen Klöstern – etwa den Augsburger Augustinerchorherren- bzw. Kollegiatstiften St. Georg, Heilig-Kreuz und St. Moritz – im 12. und 13. Jahrhundert ein. Die großenteils noch nach Ortspertinenz formierten Aktenbestände stehen demgegenüber in der Regel an Umfang und Bedeutung zurück. Die provenienzgemäße Neuformierung der Amtsbücher und Akten des Reichsstifts Kaisheim ist mittlerweile abgeschlossen. Die im 14. Jahrhundert einsetzende, umfangreiche schriftliche Überlieferung (1400 Amtsbücher, annähernd 1400 Akten, 64 lfm) umfasst neben Schriftgut zur Verwaltung des weit reichenden Territorialbesitzes des Reichsstifts (Archiv, Zentralbehörden und Außenämter) auch Archivalien zu geistlichen Angelegenheiten (Archivum spirituale, 16. bis 18. Jahrhundert), die bei den übrigen Klöstern meist verloren gegangen sind.
Das Staatsarchiv Neuburg verwahrte an klösterlichen Überlieferungen vor allem solche, die aus gerichts- und grundherrlichen Funktionen erwachsen waren. Die Abgaben des Bayerischen Hauptstaatsarchivs brachten nun diejenigen Archivaliengruppen ein, die neben den Urkunden, Kopialbüchern, Traditionsbüchern und älteren Urbaren eine thematische Ergänzung für die Spiritualia, Personalangelegenheiten oder die Außenbeziehungen zu weltlichen wie geistlichen Herrschaftsträgern und im Rahmen der Ordensprovinzen und -kongregationen liefern. Umfang der klösterlichen Amtsbuchbestände: fast 7.700 Bände (rund 300 lfm).
Von denjenigen klösterlichen Niederlassungen, die als Entschädigungsgut für linksrheinische Verluste 1802/ 1803 an andere weltliche Herrschaftsträger als an Kurbayern fielen, liegt im Staatsarchiv in der Regel keine oder nur splitterhafte Überlieferung vor. Archivalien dieser Klöster (Buxheim,Heilig-Kreuz in Donauwörth, St. Mang in Füssen, Kirchheim a. Ries, Maihingen, Mönchsdeggingen) befinden sich überwiegend in privatem Besitz oder kamen in die Archive von Städten und klösterlichen Neugründungen. Eine Ausnahme bildet das Damenstift Edelstetten, dessen Überlieferung seit 1995 als Depot des Fürsten von Esterhazy im Staatsarchiv verwahrt wird und dessen Neuerschließung ebenfalls kurz vor dem Abschluss steht.Von den in der Reichsstadt Augsburg im 16. Jahrhundert und zwischen 1802 und 1805 säkularisierten Klöstern gelangte der Teil der Überlieferung, der Grundbesitz innerhalb der Stadtmauern betraf, in das Stadtarchiv Augsburg.
Vom Deutschen Orden verwahrt das Staatsarchiv das Schriftgut der zur Ballei Franken gehörigen, aber in Schwaben gelegenen Kommenden Donauwörth und Oettingen. Die Archivalien der zur Ballei Franken gehörigen Ämter der Landkommende Ellingen (einige darunter auch im Ries gelegen) werden ebenso wie die Zentralüberlieferung im Staatsarchiv Nürnberg verwahrt. Mit Amtsbuch- und Aktenbeständen vertreten sind auch Niederlassungen des Johanniter- und Malteserordens, nämlich die bereits im 13. Jahrhundert begründete Kommende Kleinerdlingen und die 1782 unter Dotierung mit Besitzungen des Jesuitenordens errichtete Großballei Neuburg, die mit den Kommenden Mindelheim und Stockau zur neu errichteten Englisch-Bayerischen Zunge des Malteserordens zählte. Eine abschließende provenienzgerechte Bereinigung mit einigen im Bayerischen Hauptstaatsarchiv verwahrten Beständen ist vorgesehen.
