Oberste Staatsorgane und unabhängige Behörden
Staatsrat (1799–1918): Der große und nur mit wenigen, wenn auch schmerzlichen Lücken überlieferte Kernbestand zu Gesetzgebung und Administration im 19. Jh. umfasst Sitzungsprotokolle (darunter der Geheimen Staatskonferenz und des Ministerrates) und Akten, v.a. zu Gesetzentwürfen, Kompetenzkonflikten und Beschwerden gegen Verwaltungsorgane.
Arbeiter-, Bauern- und Soldatenrat: 38 Einh., v.a. des Vollzugsrates der Arbeiterräte Bayerns, 1918–1919.
Generalstaatskommissar: Der Bestand enthält rd. hundert Akten des 1923–1924 im Rahmen des Ausnahmezustandes tätigen Kommissars des bayerischen Gesamtstaatsministeriums.
Reichsstatthalter in Bayern: Nur Teile der Registratur des Vertreters des Reiches bei der bayerischen Landesregierung in den Jahren 1933 bis 1945 sind überliefert, nämlich Sachakten aus verschiedenen Aufgabenbereichen sowie knapp 10.000 personenbezogene Akten zu Angehörigen des öffentlichen Dienstes.
Verfassungsgerichtshof (VerfGH): Generalakten sowie Verfahrensakten zu Verfassungsbeschwerden, Popularklagen usw., 1947–1985.
Oberster Rechnungshof (ORH): An den Unterlagen des 19. Jh. sind umfangreiche Kriegsverluste eingetreten. Restakten liegen u.a. zum Verkauf säkularisierter Klosterrealitäten vor sowie einige Personalakten (1812–1880); aus der Nachkriegszeit wurde Schriftgut der Grundsatzabteilung, der Präsidialabteilung und aus sämtlichen Prüfungsgebieten (bis etwa 1974) archiviert. Bei der dem ORH nachgeordneten Rechnungskammer (1826–1973) beschränkt sich die Überlieferung nach Kriegsverlusten bislang nahezu ausschließlich auf die erste Hälfte des 19. Jh. (darunter Rechnungen von Hofbehörden und Akademien).
Landesbeauftragter für den Datenschutz: Von den in der Tätigkeit des Beauftragten seit 1985 erwachsenen Akten ist ein größerer Bestand an Beschwerde- und Prüfungsfällen sowie Unterlagen zur technisch-organisatorischen Prüfung in Staatsbehörden und Gemeinden übernommen worden, desgleichen Unterlagen über Organisation und Techniken des Datenschutzes. Aus der neuesten Zeit stammen Akten zur technisch-organisatorischen Prüfung von Staatsbehörden, kommunalen Einrichtungen und Körperschaften sowie zu diversen Arbeitskreisen auf nationaler Ebene.