Überlieferung der zentralen Stellen, die der Leitung oder Aufsicht des Bischofs von Würzburg unterstehen (zentrale kirchliche Verwaltung des Bistums Würzburg, Pfarreien, kirchliche Verbände und Institutionen).

Führer durch die Bistumsarchive der katholischen Kirche in Deutschland, Siegburg ²1991, S. 194-203. - Erik Soder von Güldenstubbe, Zur Geschichte des Würzburger Diözesan-Archives. Entwicklung und Bestände. In: Jahrbuch für fränkische Landesforschung 53 (1992) S. 421-433. - Norbert Kandler - Jürgen Lenssen (Hrsg.), Diözesan-Archiv und seine Sammlungen (Katalogreihe Marmelsteiner Kabinett 14), Würzburg 1995. - Gabriele Polster, Quellen zur jüdischen Familienforschung im Pfarrbücherbestand des Diözesanarchivs Würzburg. In: Würzburger Diözesangeschichtsblätter 65 (2003), S. 167-202. - Johannes Merz, Archiv und Bibkliothek unter einem Dach. Vorteile und Probleme des Würzburger Modells. In: Kirchliches Buch- und Bibliothekswesen. Jahrbuch 2005/06, S. 123-132. - Johannes Merz, Die Überlieferungssituation im Diözesanarchiv Würzburg zur Nachkriegszeit. In: Ders. - Wolfgang Weiß (Hrsg.), Aufbrüche und Kontroversen. Das Bistum Würzburg 1945-1963, Würzburg 2009, S. 115-128. - Johannes Merz, Die digitalisierten Matrikelbücher des Diözesanarchivs Würzburg. Erschließungskonzept und Forschungsperspektiven. In: Würzburger Diözesangeschichtsblätter 73 (2011), S. 413-427. - Im Glauben unterwegs. Ein Streifzug durch die Sammlungen des Diözesanarchivs Würzburg, bearb. von Anikó Hushegyiová und Norbert Kandler, Würzburg 2011.

Ein erheblicher Teil der Altbestände ist 1945 verbrannt; die folgenden Bestände haben deshalb teilweise nur fragmentarischen Charakter.

1. Bistum Würzburg bis 1821 (Zentralbehörden)
1.1. Bischöfe von Würzburg: Sammlungen verschiedener Provenienz (ab 16. Jh.); Weihematrikel (Abschriften 1520-1817)
1.2. Domkapitel: Einzelakten (ab 16. Jh.)
1.3. Bistumsverwaltung: Urkunden und Regesten (überwiegend Abschriften); Amtliche Rundschreiben (ab 16. Jh.); Geistliche Regierung (Protokolle ab 1787, Ämterakten ab ca. 1580, Landkapitelsakten ab 16. Jh., v.a. Visitationsprotokolle); Pfarreiakten (16.-19. Jh.); Klöster- und Stiftsakten (15. Jh.-1802); Testamente von Geistlichen (15.-19. Jh.); Hexenprozesse (1628-1630)
1.4. Schwedische Regierung: Religionsakten (1631-1634)
1.5. Vikariat und Konsistorium Würzburg (17./18. Jh.)
2. Andere Bistümer bis 1821 (Mainz, Fulda)
Mainzer Verordnungen (15.-18. Jh.); Protokollserien, v.a. betr. Mainzer Kommissariat Aschaffenburg (ca. 1750-1821); Einzelakten
3. Bistum Würzburg seit 1821 (Zentralbehörden)
3.1. Bischöfe: Bischöfliche Manualakten(seit 1821); Akten von Weihbischöfen; Überlieferung und Dokumentation zu einzelnen Bischöfen (1840-1957); Weihematrikel
3.2. Domkapitel: Einzelakten seit 1821; Dommusik
3.3. Bischöfliches Ordinariat: Urkunden, Protokolle des Bischöflichen Ordinariats und des Allgemeinen Geistlichen Rats; Generalakten; Personalakten; Pfarreiakten; Dekanatsakten; Amtliche Rundschreiben; Abteilungsabgaben (u.a. Seelsorgereferat); Bischöfliche Ausschüsse und Räte (u.a. Diözesanrat); Pertinenzbestände (u.a. Nachkriegsakten)
3.4. Bischöfliches Kommissariat Meiningen
3.5. Bischöfliches Offizialat: Ehesachen des Bischöflichen Offizialats
4. Außenbehörden des Bistums Würzburg
4.1. Dekanatsarchive (v.a. 19./20. Jh.)
4.2. Diözesanbüros
4.5. Pfarr- und Kuratiearchive (teilweise ab 15. Jh.; Deposita der jeweiligen Kirchenstiftung; mit Selekten und Sammlungen: Pfarrmatrikel und Pfarrchroniken, Musikalien)
5. Diözesane Einrichtungen und Verbände
5.1. Verbände und Institutionen allgemein (u.a. Diözesancaritasverband für die Diözese Würzburg)
5.2. Bildungshäuser, Seminare und Heime (u.a. Bischöfliches Knabenseminar Kilianeum Würzburg)
6. Sammlungen und Nachlässe
6.1. Sammlungen, z.B. Andachtsbilder; Dokumentation zu Personen, Orten, Sachen; Handschriften; Planselekt; Bilder und Grafiken; Münzen und Medaillen; Spardosen
6.2. Nachlässe und sachthematische Sammlungen (ca. 250, vornehmlich aus dem Diözesanklerus, ab 18. Jh.)
6.3. Andere Provenienzen (u.a. Bund Neudeutschland, Kirchenakten der NSDAP)

Fotosammlung des Diözesan-Archivs: Fotodokumentation unterschiedlicher Provenienz mit rund 2.500 personen-, orts- und sachbezogenen Betreffen; Stadtbild-, Ortsbild- und Architekturfotografie zu allen die Diözese betreffenden Pfarr- und Filialorten; Pressefotografie von kirchlichen Ereignissen und Brauchtumsveranstaltungen; Porträtfotografie von verschiedenen Persönlichkeiten des kirchlichen Lebens, hauptsächlich aus der Diözese Würzburg und dem Universitätsbereich.

Fotodokumentation zu Würzburg mit Stadtbildfotografie, Architekturfotografie von Kirchen, Klöstern und anderen Institutionen; Fotodokumentation über die Kriegszerstörung und den Wiederaufbau Würzburgs. Ca. 25.000 Aufnahmen. – Positive und Negative, Glasplatten.

Veröffentlichungen: Norbert Kandler, Sammlungen im Diözesan-Archiv Würzburg – Foto- und Bilddokumente. In: Norbert Kandler / Jürgen Lenssen (Hrsg.), Diözesan-Archiv Würzburg und seine Sammlungen Begleitband zur Ausstellung des Diözesan-Archivs Würzburg im Marmelsteiner Kabinett, Würzburg 1995.