Das Stadtarchiv gliedert sich in zwei Bestandsgruppen, in das Ortsteil- und in das Kernstadtarchiv (insgesamt ca. 650 lfm).

Im Ortsteilarchiv findet sich das Schriftgut der 1972 bzw. 1978 zur Stadt Marktoberdorf eingemeindeten heutigen Ortsteile (ca. 150 lfm):

Bertoldshofen mit Burk, Gehren, Hagmoos, Hausen und Selbensberg (1563-1972)
Geisenried mit Engratsried und Hattenhofen (1571-1978)
Leuterschach mit Fechsen, Ronried und Schwenden (1591-1978)
Rieder mit Heiland, Osterried und Weißen (1689-1972)
Sulzschneid mit Balteratsried und Hummeratsried (1502-1972)
Thalhofen a.d. Wertach mit Weibletshofen (1816-1972)

Das Kernstadtarchiv besteht aus den Beständen

Div. Urkunden und Urkundenabschriften (v. 15.-20. Jh.)
Ältester Bestand mit dem Markt- und Zunftbüchern (ab 1613)
Akten (ab 1617)
Bände (mit Ratsprotokollen ab 1829 und Personenstandsbüchern ab 1876)
Rechnungen (ab 1688)
Fotosammlung
Zeitschriften Sammlung
Amts- und Gesetzesblätter (ab 1806)
Alter Schulbestand (Lateinschule, Präparandenschule)
Stiftungen
Sonderbestände mit Nachlässen und Theater-MODEON
Vereine und Parteien
Firmenarchive (Clemens-Fendt-Archiv)
Ergänzungen und Sammlungen (dieser Bestand weist auf die Sammlungstätigkeit eines modernen, der Überlieferung auch zeitgenössischen Geschehens verpflichteten Stadtarchivs hin)
Regionalzeitung (ab 1887, fortlaufend).

Fotosammlung: Sammelbestand unterschiedlicher Provenienz. – Aufnahmen aus Marktoberdorf und den eingegliederten Gemeinden; Stadtbildfotografie mit Luftaufnahmen, Stadt- und Dorfansichten, Straßen- und Platzansichten sowie Architekturaufnahmen von Gebäuden; Landschaftsfotografie; Ereignisfotografie von Theater-, Faschings-, Firmen-, Vereins- und Schulveranstaltungen sowie von der Stadterhebung 1953; Porträtfotografie; Fotografien sakraler und weltlicher Kunstwerke und Bauwerke in Bayern (Nachlass Büchl); Wirtschafts- und Produktfotografie einheimischer Firmen (Nachlass Theodor und Clemens Fendt); Fotopostkarten; ca. 5000 Aufnahmen aus der Zeit um 1890 bis in die Gegenwart. – Positive, teilweise Negative, Dias, digitale Bilddaten.