Geschichtlicher Überblick
Das Staatsarchiv München entstand aus der Registratur der kurbayerischen Hofkammer, die von der 1799 errichteten Generallandesdirektion und seit 1803 von der Landesdirektion von Baiern fortgeführt und durch Schriftgut aufgelöster Behörden erweitert wurde. Diese sogenannte altbayerische Provinzial- oder Retardatenregistratur wurde 1808 verselbständigt und 1814 als "Reichsarchiv-Conservatorium im Alten Hof zu München" dem Kgl. bayerischen Allgemeinen Reichsarchiv (jetzt Bayerisches Hauptstaatsarchiv) angegliedert. Das Archivkonservatorium umfasste schließlich etwa 30 Registraturen seit 1799 aufgehobener kurbayerischer Zentral- und Mittelbehörden sowie die Hauptmasse der Akten der aufgelösten geistlichen Institutionen Altbayerns. Nach der in Bayern zu Beginn des 19. Jh. verwendeten Unterscheidung zwischen "archivalischem" und "nichtarchivalischem" Schriftgut erhielt das Reichsarchiv alle "archivalischen" Dokumente, wie Urkunden und wichtigere Amtsbücher. In das Archivkonservatorium in Landshut (jetzt Staatsarchiv Landshut) kamen in Erweiterung von dessen Funktion als Rechnungsdepot der Hofkammer (seit 1753) und des Geistlichen Rates (seit 1799) alle Ämter- und Kirchenrechnungen. In das Archivkonservatorium München als altbayerische Aktenabteilung des Reichsarchivs gelangte das sonstige "nichtarchivalische" Schriftgut der historischen Hof- und Staatsämter einschließlich der Aktenabgaben der neuen bayerischen Ministerien und der Verwaltungen der während der napoleonischen Zeit vorübergehend bayerischen Gebiete. Aus Platzgründen wurden darüber hinaus viele Bestände auf die Trausnitz in Landshut verlagert, so dass die Abgrenzung zwischen dem heutigen Bayerischen Hauptstaatsarchiv und den Staatsarchiven Landshut und München völlig unübersichtlich wurde und die Beständestrukturen schließlich jede Klarheit vermissen ließen. Daneben wuchsen dem Archivkonservatorium die Abgaben der neuen oberbayerischen Gerichte und Staatsbehörden der mittleren und unteren Verwaltungsebene zu. Sie wurden teils in Form von im Archiv gebildeten Mischbeständen, teils im Rahmen von Abgabegemeinschaften (derzeit noch ca. 62.000 Archivalieneinheiten) archiviert.
1892 erfolgte der Umzug der seit 1876 "Kreisarchiv" genannten Behörde vom Alten Hof in das neue Dienstgebäude an der Himbselstraße. Die 1921 vorgenommene Eingliederung als Abteilung in das Bayerische Hauptstaatsarchiv und die bis 1932 abgeschlossene Überstellung der Ministerialakten an die Stammabteilung des Hauptstaatsarchivs änderten an der unbefriedigenden Beständestruktur des Archivs nur wenig.
Dank rechtzeitig vorgenommener Auslagerungen erlitt das Archiv während des Zweiten Weltkrieges kaum Verluste. 1960 erfolgte die Umbenennung in Staatsarchiv für Oberbayern, 1967 der Umzug in das heutige Dienstgebäude. 1971 schließlich wurde das Archiv aus dem Verband des Bayerischen Hauptstaatsarchivs herausgelöst und als selbständige, der Generaldirektion der Staatlichen Archive Bayerns unmittelbar nachgeordnete Behörde unter dem Namen "Staatsarchiv München" den übrigen bayerischen Staatsarchiven gleichgestellt. Seit 1978 besitzt das Staatsarchiv eine Außenstelle auf der Willibaldsburg oberhalb von Eichstätt.
Durch die altbayerische Beständebereinigung von 1978 erhielt mit dem Bayerischen Hauptstaatsarchiv und dem Staatsarchiv Landshut auch das Staatsarchiv München erstmals eine festumrissene Zuständigkeit auch für die historischen Bestände.