Allgemeine innere Verwaltung
Mit Reskript vom 23. April 1799 wurden die Fürstentümer (Herzogtümer) der Oberen Pfalz und Pfalz-Sulzbach sowie die Landgrafschaft Leuchtenberg zur „Provinz Oberpfalz“ unter einer Landesdirektion in Amberg vereinigt. Ab 1808 bestanden unterschiedliche, in ihrer territorialen Ausdehnung wechselnde, mit den Grenzen der heutigen Regierungsbezirke nicht übereinstimmende, nach Flüssen benannte Kreise unter jeweils einem Generalkommissariat. 1837 wurde der bis heute weitgehend konstant gebliebene Regierungsbezirk Oberpfalz und Regensburg eingerichtet (bis 1938 lautete die Bezeichnung der heutigen Regierungsbezirke noch „Kreise“). Von 1932 bis 1948/56 war er mit Niederbayern unter dem Namen „Regierungsbezirk Niederbayern und Oberpfalz“ zusammengelegt. Der Zusatz „Regensburg“, der die eigenständige, vom alten Fürstentum der Oberen Pfalz unabhängige historische Stellung der ehemaligen freien Reichsstadt Regensburg und der in ihr gelegenen weiteren Reichsstände im Namen des Regierungsbezirks kennzeichnete, entfiel bei der Zusammenlegung 1932 und lebte 1948 nicht mehr auf.
Das Staatsarchiv ist zuständig für die Landesdirektion Amberg (1799–1808), das Generallandeskommissariat Amberg (1804–1808), die Generalkommissariate des Naabkreises (1808–1810, Sitz Amberg), des (2.) Regenkreises (1810–1817, Sitz Regensburg) und die Regierung des (3.) Regenkreises (1817–1837). Für das Generalkommissariat des (1.) Regenkreises (Sitz Straubing) ist das Staatsarchiv Landshut zuständig. Am umfangreichsten sind die Fonds der Landesdirektion Amberg (4046 Akten, 35,4 lfm) und der Regierung des Regenkreises, Kammer des Innern (5701 Akten, 88,2 lfm, 1817–1837). Kleine Bestände bilden die Akten der bei der Amberger Landesdirektion gebildeten Oberpolizeikommission Amberg, die mit der Aufsicht über den Magistrat der Stadt Amberg beauftragt war (8 Akten, 1804–1806), und der Strafarbeitshauskommission, die die Aufsicht über das Amberger Strafarbeitshaus hatte (30 Akten, 0,2 lfm, 1799–1815).
Bei den Akten der Regierung der Oberpfalz (ab 1838) wird langfristig eine vollständige Aufteilung in die Fonds Regierung der Oberpfalz, Kammer des Innern (bis 1932) und Regierung der Oberpfalz (ab 1932) angestrebt, nachdem im Stichjahr 1932 die beiden Regierungen in Regensburg und in Landshut zu einer Regierung mit Sitz in Regensburg vereinigt wurden (siehe auch oben; die Bezeichnung „Kammer des Innern“ wurde 1935 abgeschafft). Zur Zeit bestehen bereits neben den noch zu bereinigenden Mischbeständen Regierungsabgaben 1949 ff. (ca. 24.600 Akten, 431 lfm, 19./ 20. Jh.) und 2001/11 (ca. 5.400 Akten, 160 lfm, 20. Jh.) die neugebildeten Bestände Regierung der Oberpfalz, Kammer des Innern (zurzeit ca. 26.100 Akten, 404 lfm) und Regierung der Oberpfalz (zurzeit ca. 22.400 Akten, 378 lfm). Letzterer Bestand umfasst auch Akten über die von 1938 bis 1945 dem Regierungsbezirk angegliederten böhmischen Landkreise Bergreichenstein, Markt Eisenstein und Prachatitz (hierzu zurzeit auch Überlieferung im Staatsarchiv Landshut).
Erwähnung verdienen die Akten der Amerikanischen Militärregierung für Bayern (so genannte OMGUS-Akten), von welchen 670 auf den Regierungsbezirk Niederbayern-Oberpfalz („Branch D Regensburg“) bezügliche Akten aus den National Archives in Washington in Form von Mikrofiches benützt werden können.
Für die staatliche Aufsicht über die größeren Städte gab es die Polizeidirektion Regensburg (53 Akten, 0,6 lfm, 1811–1820) und das Stadtkommissariat Amberg (9 Akten, 1850–1869). Eine mit der Verschönerung der Kreishauptstadt Regensburg befasste Kommission der Regierung des Regenkreises bzw. der Regierung der Oberpfalz war die Kgl. Promenadenkommission Regensburg, für die ein Bestand mit Akten aus der Zeit von 1813–1877 gebildet wurde (109 Akten, 1,6 lfm).
Das für die Regierungsbezirke Oberpfalz und Niederbayern zuständige Verwaltungsgericht Regensburg ist mit Schriftgut ab 1947 vertreten (14.721 Akten, 111,8 lfm).
Auf der unteren Ebene bieten die Administrativakten von 34 Landgerichten älterer Ordnung (vgl. hierzu auch unten S. 27 unter Justizbehörden) aus den Jahren 1803 bis zur Trennung von Justiz und Verwaltung 1862 (ca. 137.700 Akten, 662 lfm, davon ca. 68.000 AE, 150 lfm noch nicht verzeichnete Ansässigmachungs- und Verehelichungsakten) sowie das Schriftgut der 1862 als reine Verwaltungsbehörden eingerichteten 22 Bezirks- bzw. (ab 1939) Landratsämter aus den Jahren 1862 bis 1972 (ca. 400.000 Akten, 2.296 lfm, davon 307 lfm meist unverzeichnete Ansässigmachungs- und Verehelichungsakten) einen breiten Quellenfundus für orts-, heimat- und regionalgeschichtliche Forschungen aller Art. Das über diese Ämter ins Staatsarchiv gelangte Schriftgut (Akten und Rechnungen) der 1813 bzw. 1815 aufgelösten, ehemals hochstift-regensburgischen bzw. dalbergischen Landgerichte Donaustauf, Hohenburg auf dem Nordgau und Wörth an der Donau, die bis in das 16. Jahrhundert zurückreichen, wurde an das für das Hochstift Regensburg und seinen Nachfolgestaat, das dalbergische Fürstentum Regensburg, zuständige Bayerische Hauptstaatsarchiv abgegeben. Die 1862 gebildeten Bezirksämter Hemau und Velburg wurden 1880 wieder aufgehoben und zum neuen Bezirksamt Parsberg vereinigt, das Bezirksamt Stadtamhof wurde 1929 dem Bezirksamt Regensburg zugeschlagen. 1908 wurden die Bezirksämter Oberviechtach und Riedenburg durch Ausgliederung aus den Bezirksämtern Neunburg vorm Wald und Beilngries neu gebildet. Selekte wurden für die bezirks- bzw. landratsamtlichen Baugenehmigungsakten gebildet, die das private Baugeschehen im Regierungsbezirk in der Zeit zwischen 1862 und 1972 relativ vollständig dokumentieren (ca. 532.000 AE, 1524 lfm). Hinzu kommen 188.880 (1022,2 lfm) Baugenehmigungsakten der Landratsämter der 1972 gebildeten 7 Großlandkreise. Gesondert aufgestellte Teilbestände aus den bezirks- bzw. landratsamtlichen Registraturen sind die Pfarrmatrikelzweitschriften (geführt bis zur Einführung der Standesamtsregister 1876, 8929 AE, 46,8 lfm), die Personenstandszweitbücher (2927 Bände, 109,5 lfm), der Selekt mit den so genannten Neueren Militärakten (5331 Akten, 30,2 lfm), die Akten der Versicherungsämter und teilweise noch die Ansässigmachungs- und Verehelichungsakten samt Konzessionsakten und Auswanderungsakten (die, soweit sie vor 1862 abgeschlossen wurden, sukzessive den Fonds mit den Administrativakten der Landgerichte älterer Ordnung zugewiesen werden; siehe oben). Die Separierung des Schriftguts der Distriktsgemeinden (1852 gebildete Selbstverwaltungseinrichtungen) wurde begonnen (zurzeit 331 Akten von 5 Distriktsgemeinden, 8 lfm).
Für die Akten der Landratsämter der bei der Gebietsreform von 1972 errichteten sieben Großlandkreise werden neue Fonds gebildet (zurzeit 14.800 Akten, 254,6 lfm). Wegen des großen Umfangs werden die bei den Landratsämtern geführten Sozialhilfeakten nur in Auswahl vom Landratsamt Schwandorf (vor 1972 vom ehemaligen Landratsamt Burglengenfeld) übernommen. Vom Landratsamt Schwandorf wurde auch die Sonderregistratur zur geplanten atomaren Wiederaufbereitungsanlage (WAA) Wackersdorf übernommen (ca. 50 lfm) (zur WAA vgl. auch unten Polizei, Bundesgrenzschutz und Bürgerinitiative gegen Atomanlagen Schwandorf e.V.).